CNC sistemi devreye girdiğinde istenilen kesimler yazılıma programlanarak ilgili alet ve makinelere dikte edilir ve bunlar da bir robot gibi belirtilen boyutsal görevleri yerine getirir.
CNC programlamada, sayısal sistemdeki kod üreteci, bir CNC makinesinin aynı anda birden fazla yönde kesmeye yönlendirilmesi durumunda daha büyük olan hata olasılığına rağmen, mekanizmaların kusursuz olduğunu varsayar. Bir sayısal kontrol sistemindeki bir takımın yerleşimi, parça programı olarak bilinen bir dizi girdi ile özetlenir.
Sayısal kontrol makinesinde programlar delikli kartlar aracılığıyla girilir. Buna karşılık, CNC makinelerinin programları küçük klavyeler aracılığıyla bilgisayarlara iletilir. CNC programlama bir bilgisayarın belleğinde tutulur. Kodun kendisi programcılar tarafından yazılır ve düzenlenir. Bu nedenle, CNC sistemleri çok daha geniş kapsamlı hesaplama kapasitesi sunar. En iyisi, CNC sistemleri hiçbir şekilde statik değildir çünkü revize edilmiş kod aracılığıyla önceden var olan programlara daha yeni komutlar eklenebilir.